Étude phénotypique et moléculaire de la résistance aux antibiotiques du dernier recours (Carbapénèmes et Colistine) chez les bacilles à Gram négatif isolés à partir del’eau : cas de la région de Batna

CHERAK, Zineb (2021) Étude phénotypique et moléculaire de la résistance aux antibiotiques du dernier recours (Carbapénèmes et Colistine) chez les bacilles à Gram négatif isolés à partir del’eau : cas de la région de Batna. Doctoral thesis, université mohamed kither biskra.

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Abstract

La résistance aux antibiotiques constitue aujourd’hui l’une des plus graves menaces pesant sur la santé publique, la sécurité alimentaire et le développement. Malheureusement, sa surveillance a longtemps été focalisée sur les milieux cliniques. Cependant, depuis que les bactéries résistantes aux antibiotiques sont considérées comme des polluants biologiques émergents, la contamination de l'environnement par les gènes de résistance et les bactéries résistantes aux antibiotiques a suscité une prise de conscience considérable. Dans cette étude, nous avons analysé l'eau du robinet des hôpitaux, les eaux usées hospitalières et les eaux usées rejetées dans l'environnement pour la présence et la diversité de bactéries à Gram négatif (BGN) résistantes aux carbapénèmes et à la colistine ainsi que l’investigation des mécanismes moléculaires impliqués dans cette résistance. Au cours de ce travail, nous avons utilisé des protocoles d’isolement sélectif et non sélectif des bactéries cibles, ainsi que des outils avancés d’identification et de caractérisation moléculaire des souches isolées à savoir le typage moléculaire et le séquençage du génome entier. Dans le présent travail, nous rapportons la première détection des BGN productrices de carbapénémases et des protéines MCR dans différents milieux aquatiques en Algérie, à travers leur isolement à partir des eaux usées hospitalières, eaux usées rejetées dans l’environnement, eau de robinet des hôpitaux ainsi que l’eau des puits à la ville de Batna. En ce qui concerne les carbapénémases, différentes enzymes ont été détectées à savoir KPC-2, NDM-5, VIM-2, VIM-4, OXA-23, OXA-48 et OXA-181, avec l’OXA-48 est la plus répondue. D’autre part, seulement deux gènes mcr ont été détectés dont le mcr-1 chez des souches de l’espèce Escherichia coli appartenant à différentes séquences types et mcr-5 chez une souche de Cupriavidus gilardii. Les résultats de notre étude confirment que les milieux aquatiques sont des réservoirs et peuvent véhiculer les BGN résistantes aux antibiotiques de dernier recours (carbapénèmes et colistine) permettant leur possible large dissémination dans l’environnement, par conséquent ces milieux aquatiques présentent aujourd’hui un problème majeur menaçant à la fois la santé publique, la santé animale, l’environnement, et la sécurité alimentaire. D'où le besoin urgent d'une collaboration interdisciplinaire pour établir des stratégies efficaces de contrôle et de prévention contre la propagation de telles bactéries.

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