Analyse comparative et phylogénétique des mitogénomes de dix espèces Oedipodinae (Orthoptera : Acrididae) de la région de Biskra, Algérie

MOUSSI, Abdelhamid (2025) Analyse comparative et phylogénétique des mitogénomes de dix espèces Oedipodinae (Orthoptera : Acrididae) de la région de Biskra, Algérie. Doctoral thesis, Faculty of Exact Sciences, Nature and Life Sciences.University Mohamed Khider, Biskra.

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Abstract

Cette thèse s’intéresse à la caractérisation comparative des mitogénomes de dix espèces d'orthoptères de la sous-famille Oedipodinae, réparties en sept genresre présentés en Algérie. Neuf de ces espèces ont été séquencées pour la première fois, apportant les premières données génomiques mitochondriales complètes pour leurs genres respectifs. Les mitogénomes, obtenus grâce au séquençage de nouvelle génération suivi d’un assemblage de novo, présentent une taille comprise entre 15 603 et 15 766 pb. Ils se présentent sous forme de molécules circulaires bicaténaires, codant pour les 37 gènes typiques des génomes mitochondriaux des insectes. L'analyse des caractéristiques des mitogénomes révèle une homogénéité remarquable concernant la composition en AT, le biais nucléotidique et l’usage des codons. Les gènes codant pour des protéines s'initient généralement par des codons ATN conventionnels, à l’exception du gène COX1 chez Sphingonotus octofasciatus, qui commence par un codon CCG. Les deux gènes d’ARN ribosomique sont localisés sur le brin-N et les 22 ARNt adoptent des structures caractéristiques en feuille de trèfle, hormis trnS (AGN) qui présente une structure tronquée sans bras DHU. Les ARNt codés sur le brin-N portent deux à trois fois plus de paires de bases non canoniques que ceux codés sur le brin-J. Les régions riches en A+T manifestent une variabilité interspécifique significative en termes de composition nucléotidique, de taille et de nombre d'unités répétées, bien que certains blocs conservés y soient détectés. L’analyse phylogénétique, basée sur quatre jeux de données et menée selon les approches de Maximum de Vraisemblance et d’Inférence Bayésienne, met en évidence une paraphylie des sous-familles Oedipodinae, Acridinae et Gomphocerinae, avec des valeurs statistiques robustes. Ces résultats révèlent des discordances notables entre la classification actuelle et les relations évolutives déduites, soulignant la nécessité d’une révision taxonomique approfondie au sein des Acrididae.

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